Για την ηρωική αντίσταση αλλά και την αυτοθυσία του καλόγερου Σαμουήλ και των πέντε Σουλιωτών, που παρέμειναν στο οχυρό, είναι γνωστό το Κούγκι, ένας ιστορικός πύργος που βρίσκεται στην Ήπειρο και συγκεκριμένα στην περιοχή του Σουλίου. Οι Σουλιώτες αντιστάθηκαν με γενναιότητα απέναντι στον Αλή Πασά, ο οποίος έπειτα από τρεις πολέμους κατάφερε να τους εκδιώξει, Οι περισσότεροι κατέφυγαν στα Επτάνησα και συνεισέφεραν στην Ελληνική Επανάσταση, με ηγέτες όπως τον Μάρκο Μπότσαρη και τον Κίτσο Τζαβέλλα.
Σύμφωνα με την παράδοση, ο καλόγερος Σαμουήλ είχε χτίσει το εκκλησάκι το 1793. Εκεί, ο Σαμουήλ και οι πέντε Σουλιώτες αυτοπυρπολήθηκαν στην πυριτιδαποθήκη του οχυρού, ώστε να μην πέσουν στα χέρια του στρατού του Αλή Πασά τα τρόφιμα και τα πολεμοφόδια, κατά την παράδοση. Ο Γερμανός λόγιος, Τζέικομπ Μπαρθόλντι, είχε επισημάνει ότι η βασική αποθήκη με τα πυρομαχικά περιείχε 375 οκάδες μπαρούτι, δηλαδή περίπου 480 κιλά.
Οι τρεις πόλεμοι του Αλή Πασά κατά των Σουλιωτών
Το 1788 Πασάς Ιωαννίνων είναι ο Αλή Πασάς. Οι δε πολεμικές συγκρούσεις που ακολούθησαν έγιναν εντονότερες και σφοδρότερες. Αιτία αυτών στάθηκε ο Ρωσοτουρκικός πόλεμος (1787-1792), στην αρχή του οποίου, τον Σεπτέμβριο του 1788, έφθασε στο Σούλι, ο Λουίζης Σωτήρης, απεσταλμένος της Αυτοκράτειρας της Ρωσίας, Μεγάλης Αικατερίνης, προκειμένου να ξεσηκώσει σε επανάσταση τους Σουλιώτες. Έτσι τον Μάρτιο του 1789 ονομαστοί οπλαρχηγοί μεταξύ των οποίων οι Γιώργης Μπότσαρης, Λάμπρος Τζαβέλας, Βέικος Ζάρμπας, Νικολός Ζέρβας, Δήμος Δράκος κ.ά. δηλώνουν εγγράφως προς την Αυτοκράτειρα, μέσω των απεσταλμένων της ότι είναι έτοιμοι να πολεμήσουν εναντίον της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Μαθαίνοντας ο Αλή Πασάς τα γεγονότα αυτά, αμέσως οργάνωσε την πρώτη εκστρατεία εναντίον των Σουλιωτών.
Πρώτος πόλεμος Αλή Πασά – Σουλιωτών (1789)
Την άνοιξη του 1789, ο Αλή Πασάς εκστράτευσε κατά των Σουλιωτών με 10.000 Τουρκαλβανούς. Η εκστρατεία αυτή κράτησε τέσσερις μήνες, οι δε Σουλιώτες επέδειξαν μοναδική δύναμη αντίστασης και εξαιρετική πολεμική ικανότητα με συνέπεια η εκστρατεία αυτή να λήξει άδοξα. Αφετέρου, με νεότερα στοιχεία (έγγραφα της περιόδου εκείνης) που ήλθαν στο φως, φαίνεται ότι ο Αλή Πασάς τον Ιούλιο, μετά την υποχώρησή του, συνομολόγησε συνθήκη με τους Σουλιώτες όπου και ανέλαβε να καταβάλει μισθούς στους οπλαρχηγούς προκειμένου αυτοί να αναλάβουν την ασφάλεια της περιοχής, παίρνοντας όμως εχέγγυα πέντε παιδιά, (ομήρους), από τις οικογένειες των οπλαρχηγών.
Δεύτερος πόλεμος Αλή Πασά – Σουλιωτών (1792)
Το 1792 με τη λήξη του Ρωσοτουρκικού πολέμου, όπου και συνομολογήθηκε η Συνθήκη του Ιασίου, μεταξύ της Ρωσίας και της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, ο Αλή Πασάς, προκειμένου να παγιώσει μια πλήρη ευνομούμενη κατάσταση στο πασαλίκι του, επιχείρησε δεύτερη εκστρατεία κατά των Σουλιωτών, με δύναμη 10.000 Τουρκαλβανών, που και αυτή υπήρξε ατυχής. Αν και είχε ομήρους (όπως τον Φώτο Τζαβέλλα που ήταν γιος του Λάμπρου Τζαβέλλα), οι Σουλιώτες αγωνίστηκαν θαρραλέα, υπό τη διοίκηση του Γεωργίου Μπότσαρη, του Λάμπρου Τζαβέλλα και του Δήμου Δράκου. Ακόμη και οι γυναίκες, υπό τη Μόσχω (σύζυγο του Λάμπρου Τζαβέλλα), συμμετείχαν στη μάχη. Σκοτώθηκαν 2.000 Τουρκαλβανοί και 74 Σουλιώτες. Έτσι ανεπιτυχής υπήρξε και αυτή η εκστρατεία.. Οι Σουλιώτες έπαιρναν όλες τις προμήθειές τους από την Πάργα, ενώ έλαβαν υποστήριξη από την Ευρώπη με τη Ρωσία και τη Γαλλία να τους παρέχουν τα απαραίτητα όπλα και πυρομαχικά. Για τις ευρωπαϊκές δυνάμεις, οι Σουλιώτες ήταν όργανο για να αποδυναμώσουν την οθωμανική αυτοκρατορία. Όταν οι Βρετανοί πολιτικοί άλλαξαν διαθέσεις απέναντι στην Οθωμανική Αυτοκρατορία, προκειμένου να ενισχύσουν τις δυνάμεις εναντίον του Ναπολέοντα, οι προμήθειες όπλων και πυρομαχικών διακόπηκαν. Χωρίς υποστήριξη από το εξωτερικό και με τους Σουλιώτες καταπονημένους από τη χρόνια πολιορκία, η ενότητα των γενών τους άρχισε πλέον να διασπάται.
Τρίτος πόλεμος Αλή Πασά – Σουλιωτών (1803)
Η 3η εκστρατεία του Αλή Πασά κατά των Σουλιωτών ξεκίνησε στην πραγματικότητα το 1800. Στο μεταξύ οι Ενετοί είχαν ήδη απομακρυνθεί από την Επτάνησο και τη θέση τους είχαν πάρει οι Γάλλοι, από το 1797. Μετά όμως την καταστροφή που υπέστησαν στη ναυμαχία του Αμπουκίρ το 1798 (στην Αίγυπτο), ο Αλή Πασάς άρχισε να γίνεται ο κυρίαρχος της περιοχής. Έτσι προκειμένου να προλάβει διείσδυση των Άγγλων στην περιοχή που τον ενδιέφερε, εκστράτευσε στην Ήπειρο αφού προηγουμένως είχε συμμετάσχει στην εκστρατεία κατά του Πασά του Βιδινίου Πασβάνογλου (1798), με διπλάσιο στρατό απ’ ό,τι είχε ζητήσει ο Σουλτάνος, γεγονός που του είχε προσδώσει νέο κύρος στην Οθωμανική Αυτοκρατορία. Έτσι ο Αλή Πασάς εκστρατεύοντας το 1800 στη Ήπειρο και καταλαμβάνοντας το Βουθρωτό, την Ηγουμενίτσα, τη Βόνιτσα και την Πρέβεζα, ενίσχυσε τη θέση του στην περιοχή ενώ ταυτόχρονα εξασφάλισε τον έλεγχο των Σουλιωτών κάνοντας στενότερο τον αποκλεισμό τους. Παρ’ όλα αυτά οι Σουλιώτες συγκεντρώθηκαν στην εκκλησία του Αγίου Γεωργίου και αποφάσισαν ή να νικήσουν ή να πεθάνουν. Ήταν λιγότεροι από 2.000 οπλισμένοι. Οι κύριοι ηγέτες τους ήταν ο Φώτος Τζαβέλλας, ο Δήμος Δράκος, ο Τάσος Ζέρβας, ο Κουτσονίκας, ο Δαγκλής, ο Γιαννάκης Σέχος, ο Φωτομάρας, ο Βέικος Ζάρμπας[39], ο Τζαβάρας, ο Ζυγούρης Διαμάδης και ο Γιώργος Μπούζγος.
Οι Σουλιώτες κέρδιζαν όλες τις αποφασιστικές μάχες, όμως ο Αλή Πασάς έχτιζε κάστρα στα γειτονικά χωριά για μακροχρόνια πολιορκία. Οι Σουλιώτες έκαναν τότε εκκλήσεις για βοήθεια στη Γαλλία και τη Ρωσία, που όμως δεν τελεσφόρησαν. Επακολούθησαν και νέες μάχες πολύ πιο σκληρές, με τελευταία στις 7 Δεκεμβρίου γύρω από το Κούγκι και την Κιάφα που είχαν αποσυρθεί. Μένοντας όμως χωρίς τρόφιμα και πυρομαχικά αναγκάστηκαν τελικά να συνθηκολογήσουν. Στις 12 Δεκεμβρίου του 1803 οι Σουλιώτες συνθηκολόγησαν και ο Αλή Πασάς υποσχέθηκε να τους αφήσει ελεύθερους φτάνει να εγκατέλειπαν μαζί με τις οικογένειές τους, το ταχύτερο, τα πατρώα εδάφη τους. Όταν οι Σουλιώτες έφυγαν, ο καλόγερος Σαμουήλ ταμπουρώθηκε με πέντε Σουλιώτες στο οχυρό μοναστήρι αποκρούοντας τις ενισχύσεις του Αλή Πασά από το να πάρουν τα πολεμοφόδια. Στις 16 Δεκεμβρίου 1803, όταν οι Τούρκοι πήγαν να καταλάβουν το Κούγκι ένας από τους ανθρώπους του Αλή Πασά προκάλεσε τον Σαμουήλ: “Πόσα κολαστήρια στοχάζεσαι καλόγεγερε, θα σε κάμη ο Βεζύρης οπόταν σε βάλει εις το χέρι, από το οποίο και δε γλιτώνεις;”. Εκείνος φέρεται να του απάντησε: “Δεν είναι άξιος ο Βεζύρης να πιάση άνθρωπον, όστις εκτός οπού δε φοβάται, γνωρίζει και άλλον δρόμον: του θανάτου…”. Στο τέλος, ο Σαμουήλ ανατίναξε την πυριτιδαποθήκη, τους εχθρούς και το μοναστήρι στον αέρα. Ο Αλή Πασάς θεώρησε το γεγονός παρασπονδία και ζήτησε εκδίκηση. Η πρώτη φάλαγγα με επικεφαλής τον Φώτο Τζαβέλα έφθασε στην Πάργα ασφαλής και από εκεί διεκπεραιώθηκε στην Κέρκυρα. Η δεύτερη υπό τους Μποτσαραίους με κατεύθυνση τα Άγραφα, χτυπήθηκε από τον Αλή στη Μονή του Σέλτσου ( 1804), με αποτέλεσμα να υπάρξουν πολλά θύματα. Η τρίτη φάλαγγα δέχθηκε επίθεση στο Ζάλογγο (1803). Πολλοί φονεύθηκαν, ενώ 60 γυναίκες με τα παιδιά τους χόρεψαν το Χορό του Ζαλόγγου και γκρεμίστηκαν στα βράχια για μην πιαστούν αιχμάλωτες. Πολλοί Σουλιώτες της 1ης κυρίως φάλαγγας εισήλθαν στην υπηρεσία των Ρώσων στην Κέρκυρα, όπου αποτέλεσαν ένα σημαντικό κομμάτι της λεγεώνας των ελαφρών τυφεκιοφόρων. Αυτό ήταν ένα σύνταγμα ατάκτων στρατιωτών, που οργανώθηκε από τους Ρώσους και συστάθηκε από πρόσφυγες των ηπειρωτικών χωρών. Δεν περιέλαβε μόνο Σουλιώτες, αλλά και Χειμαριώτες, Μανιάτες, κλέφτες και αρματωλούς. Μετά την πτώση του Σουλίου ο Αλή Πασάς έκτισε στο Κούγκι θερινή έπαυλη και την επάνδρωσε, έως το 1820 που οι ξεριζωμένοι Σουλιώτες, 17 χρόνια μετά τον διωγμό τους, επέστρεψαν περήφανα.
Το 1963 , έγιναν ανασκαφές και ανεγέρθηκε ξανά ο ναός της Αγίας Παρασκευής. Στο Κούγκι κάθε χρόνο στo πλαίσio των Εορτών του Σουλίου, που γίνονται την τελευταία Κυριακή του Μαΐου, γίνεται αναπαράσταση της αποχώρησης των Σουλιωτών καθώς και της ανατίναξης του Κουγκίου, όπως γράφει το dimossouliou.gov.gr.