Η ιστορία της Διοίκησης Υποβρυχίων Καταστροφών ξεκίνησε το 1953 όταν με την ένταξη της Ελλάδας στο ΝΑΤΟ, δημιουργήθηκε η πρώτη ομάδα αμφιβίων αναγνωρίσεων, με αποστολή την υποστήριξη των πλοίων αποβάσεως του Πολεμικού Ναυτικού.
Ακολούθησε η αποστολή αξιωματικών και υπαξιωματικών στις ΗΠΑ, στο σχολείο Υποβρυχίων Καταστροφών, με σκοπό τη δημιουργία ενός πρώτου πυρήνα Ελλήνων εκπαιδευτών, οι οποίοι στη συνέχεια θα αναλάμβαναν και την οργάνωση της Σχολής Υποβρυχίων Καταστροφών στην Ελλάδα.
Αυτή ξεκίνησε τη λειτουργία της το 1957 στο κέντρο Εκπαίδευσης Κανελλόπουλος (ΚΕΚΑΝ), υπό τη διοίκηση του πλοίαρχου Κ. Εγκολφόπουλου.
Το 1968 δημιουργήθηκε η Διοίκηση Ομάδων Υποβρυχίων Καταστροφών (Δ/ΟΥΚ), με έδρα το Σκαραμαγκά και το 1969 μετονομάστηκε σε Μονάδα Υποβρύχιων Καταστροφών (ΜΥΚ) με παράλληλη αύξηση του αριθμού των επιχειρησιακών ομάδων.
Με την πάροδο των ετών η Μονάδα Υποβρύχιων Καταστροφών εξελίχθηκε, και τον Απρίλιο του 2002 έλαβε τη σημερινή της ονομασία και δομή. Είναι μια από τις Διοικήσεις του Αρχηγείου Στόλου του Πολεμικού Ναυτικού.
