Ο Στέλιος ήταν ο πρωτότοκος γιος του Χριστόφορου και της Ελένης, αδελφός της Μαρίας, της Ειρήνης και του Κώστα. Γεννήθηκε στις 15 Νοεμβρίου 1932 σε ένα χωριό στη ράχη του Πενταδακτύλου, τον κατεχόμενο σήμερα Λάρνακα Λαπήθου της επαρχίας Κερύνειας.
Μεγάλωσε στο χωριό του όπου ολοκλήρωσε το δημοτικό σχολείο και ακολούθως συνέχισε την εκπαίδευσή του στην Εμπορική Σχολή Σαμουήλ στη Λευκωσία. Ξεχώριζε για την φιλομάθειά του. Επιζητούσε να αποκτήσει όσες πιο πολλές γνώσεις μπορούσε και να προσφέρει στην κοινωνία ως ενεργός πολίτης, αντιμετωπίζοντας τις κακουχίες της ζωής. Ήταν δραστήριο μέλος της κοινότητας, όπως και ο πατέρας του, με πλούσια κοινωνική προσφορά.
Ολοκληρώνοντας τις γυμνασιακές του σπουδές εργάστηκε για δυο χρόνια στον Αγγλικό στρατό στο Σουέζ. Όταν το 1954 επέστρεψε στην Κύπρο, συνέχισε να εργάζεται ως γραφέας στο αεροδρόμιο Λευκωσίας. Διετέλεσε επίσης μέλος της επιτροπής των σωματείων ΣΕΚ και ΘΟΙ στο χωριό του, στην ίδρυση των οποίων πρωτοστάτησε ο πατέρας του.
Με την έναρξη του αγώνα ο άλκιμος νέος εντάχθηκε στην ΕΟΚΑ. Είχε βαθιά ριζωμένο μέσα του ασίγαστο πόθο. Ήταν ψυχικά και πνευματικά έτοιμος να αδράξει την ευκαιρία και να δώσει κάθε του ικμάδα στον αγώνα κατά της αποικιοκρατίας.
Τα ξημερώματα της 1ης Απριλίου 1955, μαζί με συναγωνιστές του, έλαβε μέρος σε επιχείρηση δολιοφθοράς εναντίον αεροπλάνων των Άγγλων. Από εκείνη τη στιγμή ο αγώνας αποτέλεσε τον σημαντικότερο σκοπό της ζωής του. Στο μυαλό του τριγύριζε αδιάκοπα η ιδέας της ελευθερίας. Το σπίτι του στη Λευκωσία μετατράπηκε σε χώρο απόκρυψης και προστασίας αγωνιστών, οπλισμού και πυρομαχικών. Στενοί συνεργάτες του στη μεταφορά και απόκρυψη οπλισμού, καθώς και στη φιλοξενία και φυγάδευση καταζητούμενων ήταν οι γονείς και τα αδέλφια του.
Η δράση του Στέλιου Μαυρομμάτη ήταν ιδιαίτερα έντονη στην περιοχή των οδών Λήδρας και Ονασαγόρου, το «μίλι θανάτου» όπως ονομάστηκε από τους Άγγλους.
Κατά τη διάρκεια μιας ανεπιτυχούς προσπάθειας επίθεσης κατά Βρετανών στην οδό Αγίου Παύλου στον Άγιο Δομέτιο ο Στέλιος Μαυρομμάτης συνελήφθη.
Υπέστη φρικτά βασανιστήρια. Δεν λύγισε όμως στιγμή. Έτσι ήταν καμωμένος. Να είναι ελεύθερος, να έχει δύναμη, να έχει πίστη στον Θεό και στον τίμιο αγώνα, να μπορεί να αντέχει τα πάντα μέχρι την τελική επίτευξη του σκοπού.
Μέσα από το κελί αλληλογραφούσε με την οικογένειά του. Τους έδινε θάρρος και δύναμη. «Αισθάνομαι τον εαυτό μου ισχυρόν και γαλήνιον, γιατί έχω τον Χριστό μέσα μου και είμαι βέβαιος πως θα με βοηθήσει μέχρι τέλους» έγραψε στο γράμμα του.
Γνώριζε πως ενώ αυτός βρισκόταν μέσα στο σκοτεινό κελί της φυλακής του, οι συναγωνιστές του έξω μάχονταν με πάθος για τα ιδανικά και τις αξίες του Ελληνισμού.
«Η τελευταία μου επιθυμία που ζητώ από σας είναι: Να σταθείτε ψύχραιμοι μέχρι τέλους και να προσεύχεστε για μένα», ζήτησε από την οικογένειά του.
Δεν ήθελε μοιρολόγια, δεν ήθελε θρήνους. Ζητούσε από τους δικούς του να δοξάσουν τον Θεό, που τον αγάπησε και θέλησε να τον πάρει κοντά του. Ήταν βέβαιος πως γρήγορα θα ανέτειλε το άστρο της Ελευθερίας και της δικαιοσύνης στο νησί μας. Γνώριζε πως «τον ψυχρό και σκοτεινό χειμώνα των θλίψεων και δοκιμασιών, όπως έλεγε, θα επακολουθήσει η γλυκεία άνοιξης της γαλήνης και ευτυχίας».
Το ξημέρωμα της 21ης Σεπτεμβρίου 1956 τρεις καταδικασθέντες αγωνιστές της ελευθερίας της πατρίδας μας, ο Στέλιος Μαυρομάτης, ο Ανδρέας Παναγίδης και ο Μιχαήλ Κουτσόφτας οδηγήθηκαν σιδηροδέσμιοι στην αγχόνη. Και οι τρείς ευθυτενείς, υπερήφανοι, με αρχοντική λεβεντιά, με το βλέμμα καθηλωμένο στον ανέφελο ουρανό του ιερού αγώνα και με το χαμόγελο στα χείλη. Πριν από το χάραμα της Παρασκευής έγιναν οι ίδιοι φως. Φως άσβεστο, ανεξάντλητο, αέναο. Φως ελληνικό.
«Ποτέ δεν θα πεθάνουνε, όσοι πεθάναν σήμερα. Και της σκλαβιάς τα σίδερα θα σπάσουν κάποια μέρα και θ΄ ακουστούν ελεύθερα τραγούδια πέρα ως πέρα στο ελληνικό νησί», έγραψε ο εξάδελφος του ήρωα Ευαγόρας Παλληκαρίδης ανήμερα της θυσίας των τριών ηρώων.